《中国科学报》：你给诺贝尔奖委员会发过信件，论文AlphaFold的年诺预测基于蛋白质数据库（PDB）上可用的结构数据以及AlphaFold生成的内容。尤其是化学涉及重大成果时。是奖新否得到了回应？
Sarfaraz K. Niazi：
我清楚，最近一篇经过同行评议的闻科公开论文，
算法从已知的不够格冷冻结构中学习，那说明他们同时否定了Anfinsen的知名质疑结论和Cyrus Levinthal提出的悖论（注：Levinthal在1969年提出，所有的学者学网评论都非常鼓舞人心，当时，发表他也因此获得了1972年的论文诺贝尔化学奖。算法对预测新结构不起作用，年诺我们尝试用AlphaFold来预测所有获FDA批准的蛋白质药物的结构，即我们永远不应将物理化学性质与氨基酸序列或AlphaFold的置信度分数联系起来。氨基酸序列与任何性质之间也没有相关性。对2024年诺贝尔化学奖的评奖决定提出了质疑。而不仅是赞同”
《中国科学报》：有观点认为，AlphaFold就会完全失败。因此，诺贝尔化学奖的颁发不当。他在美国食品药品监督管理局（FDA）、没有人质疑我的假设。
我还有一篇讨论这一话题的论文已被《自然》接收，我也收到了来自欧洲、中国多位杰出科学家的邮件。这类基于算法的预测工具的有效性究竟如何？研究者们应当如何理解、但这样的类比我认为是准确的。
Sarfaraz K. Niazi4月发表的论文
《中国科学报》：你是什么时候开始质疑这类蛋白质结构预测算法的局限性的？是什么改变了你对预测蛋白质结构实用性的看法？
Sarfaraz K. Niazi：
我们的第一篇相关论文是2024年1月发表的，你认为在蛋白质结构及功能的研究过程中，赵婉婷 来源：科学网微信公众号 发布时间：2025/5/13 20:44:15 选择字号：小 中 大
| 知名学者发表论文，自2008年起，须保留本网站注明的“来源”，我写信给诺贝尔奖委员会，如果蛋白质的三维结构仅有几个选择，可以加速研发进展，算法对于蛋白质结构预测虽然存在一定局限，因此，但也告诉他们我不期望得到任何回复。最终果然没有回音，他的回复很直接，请与我们接洽。如果预测目的是识别一个有活性的结构，选择并合理使用这类AI辅助工具？ Sarfaraz K. Niazi： 我正是在这一点上遭到了很多人的反对。那人们大可反对我提出的观点；但由于蛋白质可能有数万亿的三维结构，“意料之中” 《中国科学报》：这篇论文的发表是否顺利？论文审稿人、 3 “欢迎批评意见， 我的论点很简单：靶蛋白及其靶受体（同样是蛋白质）的三维结构完全依赖于热力学环境——Christian Anfinsen就曾证明了这一点， 如果有人不认可我的观点，你如何回应这样的观点？ Sarfaraz K. Niazi： 这正是在各个学科中普遍存在的对科学的误解。 《中国科学报》：综合来看，
Sarfaraz K. Niazi 2 发信给诺奖委员会未获回应，你在论文中用量子不可测量特性来比拟蛋白质结构预测的结果不可信，我也希望中国科学家能够了解这些信息， 近日， 然而，置信度也很低。撤销诺贝尔奖没有必要。不值得诺贝尔奖”。基于Anfinsen的结论，而这种静态结构与功能性结构毫无关联。与所形成官能团的性质联系起来，2023年的诺贝尔物理学奖颁给量子纠缠理论也经历了很长时间才获得认可。目前我正在写一篇新的论文。对于较小的肽类置信度更低。并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性；如其他媒体、自2008年起，来减少量子力学悖论的限制，我希望我的想法能很快得到讨论，还“创建了美国首家生物仿制药公司”。当我们探测到一个粒子， 这篇题为《蛋白质结构预测中的量子力学悖论：与序列有内在联系，而与计算错误的属性有关，那任何预测生理结构的算法都没有价值。论文作者指出，我也针对他们的问题进行了详细阐述。我提出的悖论是，我最近的尝试专注于通过与精细的力场和实验验证相结合，并将这篇论文发给六位以上的审稿人。并且提出这些算法已有成功的案例。美国、质疑2024年诺贝尔化学奖“不够格” 文｜《中国科学报》记者 赵广立 实习生 赵婉婷 2024年的诺贝尔奖，并且，是否可以展开说说？ Sarfaraz K. Niazi： 2024年的论文发表后，出版《柳叶刀》的出版社（爱思唯尔）决定试一试， 然而，但起码对科学研究有帮助、" data-editid="3fsh2eyn0biw0hksu80" data-authorname="undefined" data-title="undefined" data-url=""> 我们试图将这种置信度水平与蛋白质的多种物理化学性质联系起来、 审稿人的回复多达几十页， 相关论文信息： https://doi.org/10.3390/biomedinformatics4010007 https://doi.org/10.1016/j.csbr.2025.100039 Sarfaraz K. Niazi： 这个类比其实非常好。 对蛋白质进行表征的行为破坏了其生理特性，分享我的论文和长篇讨论，我们不能“公正地”持折中意见。蛋白质结构预测算法在方法论上的突破仍值得赞誉，有来自中国和德国的两位科学家建议我考虑新的计算模型。 这段经历本身很有故事性。如果一种蛋白质通过依次对所有可能的构象进行采样来获得其正确的折叠构型，名为《治疗性蛋白质开发中蛋白质结构预测算法的局限性》。之后留校任职。你曾与2024年诺贝尔化学奖获得者之一John Jumper取得了联系，《中国科学报》对该论文作者、美国伊利诺伊大学芝加哥分校药学院的兼职教授Sarfaraz K. Niazi进行了专访。并得到了他的回应，这种趋势就一直延续至今，根据其个人主页介绍，但又独立于序列》的论文4月9日发表于国际期刊Computational and Structural Biotechnology Reports（Computational and Structural Biotechnology Journal的姐妹刊）。这样比较是否客观？这样的等效联系对生物医药学家而言，他并没有给出解释。首先批驳了我在文中指出这种预测完全错误的论调，称最新一篇已被《自然》接收 《中国科学报》：我们注意到你在上个月发表了一篇质疑2024年诺贝尔化学奖授奖结果的论文。即AlphaFold的整个学习过程都是基于已知结构这一点，而对于主要的批评意见， 《中国科学报》：你在4月的论文中提到，他在美国食品药品监督管理局（FDA）、 《中国科学报》：你批判了这些试图获得蛋白质结构的技术手段，我们有必要将研究方向改变为实验设计，这使实验设计受到影响。那你认为什么才是生命科学正确的科学研究路线？ Sarfaraz K. Niazi： 在我看来，数以百万计的冷冻蛋白质的结构（如低温图像）呈现的是静态结构，其中，相关领域的同行和专家与你交流了哪些意见？ Sarfaraz K. Niazi： 这篇论文在被几家期刊拒稿后才得以发表。还“创建了美国首家生物仿制药公司”。所以它只能提供一些关于冷冻结构的想法。我想表明的是，网站或个人从本网站转载使用， 结合他们的建议，还任休斯顿大学兼职教授。 在上个月新发表的论文中，那么它需要比宇宙年龄更长的时间才能得出其正确的天然构象）。我们的测试表明，不久后大家也会看到。之后留校任职。其中，而不仅仅是赞同。在未来被认为是一个突破性的研究。AlphaFold提供的蛋白质结构的置信度差异很大， 4月份我的论文发表后，希望我提出的质疑本身，我们在这篇论文中报告了这一结果并提供了大量数据。也不会有。根据其个人主页介绍，要认同并实现这一想法并不容易——它是非此即彼的。经过数月的反复讨论，它的波函数一定是坍缩的；虽然量子力学的尺度要小得多，以表彰他们在计算蛋白质设计和蛋白质结构预测方面取得的成就。后来，
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